Os pecuaristas que possuem propriedade na Zona de Alta Vigilância (ZAV) começam a vacinar o rebanho no dia 1º de abril. O calendário de vacinação foi atualizado pela Agência Estadual de Defesa Sanitária Animal e Vegetal (Iagro). O período de vacinação foi antecipado, o que não implica em prejuízos com leilões, abates e exportação. A vacinação na ZAV segue até 30 de abril; a aplicação das doses é feita pelos técnicos da Iagro nos animais de mamando a caducando.
A segunda etapa de vacinação da ZAV será realizada de 1º de outubro a 15 de novembro, também em animais de todas as idades. Os pecuaristas que estão no Pantanal e acabam compreendidos pela ZAV deverão vacinar, obrigatoriamente em abril e outubro. Em julho de 2008, Mato Grosso do Sul recuperou o status de área livre da febre aftosa, certificado pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE). O rebanho do Estado é estimado em 22 milhões de cabeças.